中医学科体系主要分为中医基础类与中医临床类两大类，部分院校设中西医结合与中医药相关交叉学科。
中医基础类
中医基础理论：研究中医哲学基础、藏象、气血津液、病因病机等理论体系。
中医医史文献：整理研究中医古籍、医家思想与学术流变。
方剂学：研究方剂组成、配伍规律及临床应用。
中医诊断学：包括望闻问切四诊及辨证体系的现代研究。
中医临床类
中医内科学：涵盖心系、肺系、脾胃、肝胆、肾系、气血津液、肢体经络等病证。
中医外科学：包括疮疡、乳房病、瘿瘤、皮肤、肛肠、男性前阴病等。
中医妇科学：月经病、带下病、妊娠病、产后病、妇科杂病等。
中医儿科学：小儿常见病、传染病、生长发育相关疾病。
中医骨伤科学：骨折、脱位、筋伤、骨病等。
针灸推拿学：经络腧穴、刺法灸法、推拿手法、治疗各科疾病。
中医五官科学：眼、耳、鼻、喉、口腔相关疾病。
民族医学：藏医学、蒙医学、维医学等（部分院校单列）。
中西医结合类
中西医结合基础：侧重用现代科学方法研究中医理论。
中西医结合临床：在疾病诊疗中融合中西医学思维与方法。
中医药相关交叉学科
中药学：中药资源、鉴定、炮制、制剂、药理等。
中医药管理学、中医药信息学、中医工程学等新兴方向。